Desde sua descoberta, em 1757, amebas foram encontradas vivendo em quase todos os habitats aquáticos imagináveis. Elas são endêmicas em água doce, água salgada, rios, riachos e riachos. Algumas amebas podem ser encontradas no orvalho da manhã, enquanto outras são parasitas e vivem nos corpos de outros organismos.
Onde vivem em corpos d'água parados, as amebas tendem a se reunir perto do fundo ou perto da lama. Essa afinidade com o sedimento úmido é transferida para as amebas terrestres, que se desenvolvem em solo úmido. Quando seu ambiente seca ou se torna hostil, muitas espécies de ameba reagem formando um cisto e hibernando até que as condições melhorem.
