Os cães Shiba Inu não são hipoalergênicos. Os cães hipoalergênicos são destinados a produzir alérgenos a uma taxa abaixo do normal. No entanto, a pesquisa indica que essas raças de cães podem não existir.
Nenhum cão é conhecido por ser completamente hipoalergênico. No entanto, alguns cães são promovidos como tendo menos alérgenos ou como sendo mais compatíveis com pessoas que têm alergia, porque eles têm pelos que não atraem substâncias indutoras de alergia. Embora os níveis de alérgenos variem de cachorro para cachorro, essa variação não se baseia na raça do cachorro.
Os cães Shiba Inu têm uma pelagem dupla com uma parte superior reta e rígida e uma parte inferior macia e grossa. O cabelo em seus rostos, orelhas e pernas é curto e liso.