Caules modificados são caules de plantas que realizam funções especiais necessárias para a sobrevivência da planta em certos ambientes. Esses caules podem ter formas anormais e crescer acima ou abaixo do solo.
Algumas hastes modificadas crescem acima do solo. Os estolões correm acima do solo ou logo abaixo da superfície horizontalmente. Eles são importantes para a produção vegetativa. Os estolões formam nós à medida que crescem, que produzem novas plantas. As pessoas costumam se referir a stolons que crescem acima do solo como corredores.
Gavinhas são caules delgados que crescem e se enroscam em objetos para fornecer suporte à planta. Os espinhos são ramos modificados que protegem a planta. Botões em forma de bulbo axilar, ou bulbilhos, armazenam alimentos e, eventualmente, caem da planta e produzem novas plantas. A fotossíntese depende de cladódios, ou ramos verdes, que não crescem muito.
Caules modificados que crescem abaixo do solo incluem tubérculos, bulbos, rizomas e rebentos. Os tubérculos, encontrados nas batatas, podem armazenar amido. Aparecendo no final dos estolões, os tubérculos são comumente chamados de olhos nas batatas.
As plantas usam bulbos, que se assemelham a modificações do caule redondo e carnudo, para armazenamento. Os rizomas crescem horizontalmente no subsolo, mas podem produzir brotos verticais. Os cormos são caules modificados que lembram rizomas, mas são mais grossos e arredondados. Os cormos servem como armazenamento de alimento para as plantas e garantem sua sobrevivência em condições adversas de inverno.