Os combustíveis usados nas panelas de fondue incluem butano, álcool etílico, álcool isopropílico, velas e combustível em gel. Os usuários devem ler as instruções do fabricante que acompanham a panela de fondue para determinar os melhores combustíveis para aquele produto específico modelo.
Combustíveis líquidos, como álcool e butano, criam uma chama mais quente do que géis e velas. As opções de combustível líquido devem ser usadas para receitas de fondue que contenham carne e laticínios para garantir a segurança alimentar.
Velas e lâmpadas de chá às vezes são usadas em potes de fondue de baixa temperatura para fondue de chocolate e outras sobremesas. A vela mantém o líquido quente e vazável.
Para alguns potes de fondue, como os fabricados pela Le Creuset, são usados pacotes de gel para aquecer o pote. Esses pacotes de gel duram uma ou duas receitas, após o que devem ser substituídos.