Os bebês morcegos são chamados de filhotes e adquirem sua nutrição alimentando-se do leite da mãe. Os morcegos bebês amamentam desde o nascimento até cerca de seis meses de idade.
Embora muitas pessoas achem os morcegos desagradáveis ou até mesmo assustadores, essas criaturas têm habilidades notáveis. A morcego fêmea tem a incrível capacidade de atrasar sua fertilização ou implantação do ovo com base na quantidade de alimento disponível no ambiente e outros fatores que podem prejudicar sua gravidez. Depois de adquirir o espermatozóide masculino, ela pode armazená-lo até acordar da hibernação na primavera e pode optar por dar à luz durante o final da primavera ou início do verão. Algumas espécies, incluindo o conhecido morcego frugívoro, podem sincronizar os nascimentos coletivamente. Mesmo com esse alto nível de autocontrole, a maioria das espécies dá à luz um bebê por vez em uma determinada estação. Os morcegos são muito apegados à prole e podem reconhecê-los em comparação com os outros por diferenças de som e cheiro. A mãe morcego amamenta e protege seus filhotes enquanto eles estão vulneráveis; ele carece de asas desenvolvidas quando nasce e no geral não pode cuidar de si mesmo. Geralmente, leva seis meses para o morcego atingir a maturidade total e a independência, embora a idade de maturidade possa variar de acordo com a espécie.