A causa mais comum de água marrom do poço é a contaminação por ferro. Uma mudança repentina na cor da água significa que o contaminante foi introduzido recentemente no poço e pode ser causado por contaminação industrial, encanamentos enferrujados acessórios ou lixiviação de ferro natural do solo.
Tratamento químico e filtração de sedimentos são usados para remover o ferro da água do poço. Após a remoção do ferro, a água requer tratamento químico adicional para matar qualquer bactéria que consome ferro e que possa ter formado um biofilme na água do poço. Se o ferro permanecer na água do poço, a bactéria pode retornar e causar a recorrência de problemas.