Algumas das desvantagens da engenharia genética são riscos à saúde, impactos ambientais, impactos na agricultura e na indústria e questões éticas que podem surgir com base na engenharia. As desvantagens variam de acordo com o tipo de engenharia genética que está ocorrendo. A engenharia genética agrícola tem maior probabilidade de causar impacto na saúde, e a engenharia animal tem maior probabilidade de causar impacto no meio ambiente.
A principal desvantagem da engenharia genética é o risco que representa para a saúde. Alguns detratores afirmam que as safras geneticamente modificadas são inerentemente inseguras, mas isso não pode ser verificado porque muitos dos dados sobre os impactos na saúde são controlados pela indústria da engenharia genética. O que os cientistas sabem é que riscos à saúde estão presentes. Em 1996 no Brasil, e em 1990 na América, havia casos documentados de alimentos manipulados causando reações alérgicas, a transmissão de doenças e até a morte.
Outra desvantagem da engenharia genética são os problemas que ela causa ao meio ambiente. Culturas modificadas podem se tornar tóxicas para a vida selvagem que precisa dos alimentos para sobreviver, e a engenharia também criou tipos de ervas daninhas resistentes a pesticidas. Essas novas "super ervas daninhas" podem sufocar as plantações e destruir a agricultura e os habitats.
Certas questões éticas são levantadas pela engenharia genética. Estudiosos, políticos e cientistas têm debatido o uso da engenharia para melhorar humanos, animais e plantas. Organizações como o Greenpeace se opõem veementemente ao uso da engenharia genética, de acordo com o site do Greenpeace, e outros acham que a engenharia genética é a chave para fazer alimentos mais seguros e abundantes, bem como pessoas e animais mais saudáveis.
