Um ecossistema aquático é uma comunidade de organismos e suas interações em um ambiente aquático. Este tipo de ecossistema não precisa ser grande. Uma gota d'água contém todo um ecossistema aquático porque os microrganismos nessa gota d'água são independentes de organismos externos e completamente sustentados por aquela pequena quantidade de água.
Um ecossistema aquático contém uma grande variedade de vida, de peixes e répteis a organismos microscópicos, como bactérias e fungos. Existem vários tipos de ecossistemas aquáticos, incluindo ecossistemas marinhos e ecossistemas de água doce.
Um ecossistema marinho é um ecossistema de água salgada e o maior ecossistema aquático do mundo. Um ecossistema marinho, por sua vez, é dividido em ecossistemas ou zonas menores. Por exemplo, um recife de coral é seu próprio ecossistema, assim como as lagoas e as zonas entre-marés. Esses ecossistemas contêm algas, corais, peixes e tubarões.
Outro tipo importante de ecossistema aquático é um ecossistema de água doce, que consiste em ecossistemas de água lênticos ou de movimento lento, ecossistemas de água lóticos ou de movimento rápido e ecossistemas de pântanos. Ecossistemas lênticos incluem lagoas e lagos, que se dividem em zonas ou ecossistemas menores, incluindo zonas litorâneas, zonas de águas abertas e zonas de águas profundas. Ecossistemas lóticos incluem rios e riachos. Embora os ecossistemas lênticos e lóticos sejam ricos em peixes, os ecossistemas de pântanos contêm em grande parte plantas vasculares e uma variedade de espécies animais.
