Os morcegos são predadores e presas na cadeia alimentar, pois esses mamíferos voadores comem muitos tipos de insetos, mas são comidos por falcões, corujas, cobras, doninhas e guaxinins. A cadeia alimentar completa e genérica de um morcego de baixo para cima é o seguinte: planta, inseto, morcego e um pássaro predador, mamífero ou réptil.
Os morcegos são vitais para a cadeia alimentar, pois essas criaturas consomem insetos aos bilhões. Colônias de morcegos comem toneladas de insetos todos os anos. Os 30 milhões de morcegos que vivem na caverna Bracken, no Texas, engolem 250 toneladas de insetos todas as noites. Uma pequena colônia de 150 minúsculos morcegos marrons pode comer até 33 milhões de vermes da raiz em um verão, salvando assim os agricultores de possíveis danos às plantações. Os morcegos comem todos os tipos de insetos, de mariposas a besouros.
Cobras, guaxinins e doninhas comem morcegos durante o dia quando as criaturas ainda estão dormindo. Os morcegos também podem ser mortos por pássaros que atacam os mamíferos em poleiros e os bicam até a morte antes de consumi-los. Os peixes às vezes agarram os mamíferos voadores quando eles deslizam sobre a água em busca de comida.
Na Austrália, as pererecas verdes prendem os morcegos com a boca enquanto passam voando. Em apenas alguns goles, os morcegos estão na goela do sapo. As rãs se adaptaram para viver em pequenas cavernas, onde milhares de morcegos entram e saem todas as noites quentes.
