Cleópatra se tornou Faraó com a morte de seu pai. Em seu testamento, Ptolomeu XII deixou a monarquia para Cleópatra de 17 anos e seu irmão de 10 anos, Ptolomeu XIII, e eles governaram o Egito juntos.
Cleópatra se casou com Ptolomeu XIII quando ela tinha 12 anos porque ela não poderia governar sem um co-herdeiro do sexo masculino. A tradição ptolomaica afirmava que o governante homem era supremo e exigia que seu nome fosse o primeiro. No entanto, três anos após assumir o trono juntas, Cleópatra insistiu que apenas seu nome fosse incluído em todos os documentos oficiais e que apenas sua imagem fosse colocada em moedas.
Ptolomeu XIII retaliou enviando Cleópatra para o exílio. Reinando sozinho aos 13 anos, Ptolomeu buscou o apoio de Roma executando um dos inimigos políticos de César, Pompeu. Como Pompeu era casado com a filha de César, César ficou indignado com o assassinato e invadiu a capital do Egito, tornando-se um mediador entre os interesses conflitantes de Ptolomeu e Cleópatra.
Capitalizando a raiva de César em relação a Ptolomeu, Cleópatra se enrolou em um tapete e contrabandeou para encontrar César. Ela se tornou sua amante e deu à luz seu filho, e César a ajudou a recuperar o trono ao derrotar o exército de Ptolomeu; Ptolomeu se afogou no Nilo e ela se casou com o próximo irmão da linhagem, Ptolomeu XIV, como era o costume.
Após o assassinato de César, Cleópatra tornou-se amante de Marco Antônio. Quando o Egito caiu sob o domínio romano, os dois se suicidaram.