As lontras marinhas protegem-se dos predadores fugindo para terra seca, escondendo-se em algas ou nadando. Os principais predadores das lontras marinhas são os tubarões que vivem na água e as baleias assassinas, por isso as lontras marinhas podem se proteger escalando em terra.
Embora as lontras marinhas devam se proteger com mais frequência de predadores marinhos, elas também devem estar atentas aos predadores terrestres. Coiotes e ursos são conhecidos predadores terrestres de lontras marinhas. Se as lontras não conseguem escapar desses predadores para a água, elas devem usar seus dentes fortes como último recurso.
As lontras marinhas não precisam apenas de proteção contra predadores, mas também de seu próprio ambiente. Sua inclinação natural é passar muito tempo na água fria. Enquanto alguns mamíferos marinhos usam uma espessa camada de gordura para se aquecer, as lontras marinhas se isolam com uma espessa camada de pelo. Cada centímetro quadrado da pele de uma lontra marinha é coberto por cerca de um milhão de fios de cabelo. Este cabelo denso impede que a água alcance a pele e atua como um casaco à prova d'água.
As lontras marinhas também estão a par da caça furtiva e das doenças. Por exemplo, em meados da década de 1990, uma doença ameaçou devastar a população de lontras marinhas da Califórnia. A caça furtiva para obter o pelo do animal também afetou seriamente a população de lontras marinhas.