A constipação não é um efeito colateral associado à fórmula de soja. A fórmula de soja é um tratamento para a constipação em bebês. O National Institute of Health classifica a fórmula infantil de soja como uma substância de preocupação mínima em relação aos efeitos colaterais.
Além de ser usado para constipação, a fórmula de soja é prescrita para crianças com alergia ao leite. Três por cento das crianças nos Estados Unidos têm alergia ao leite e a maioria acaba superando-as. O leite de soja é o tratamento mais comum para essa alergia e é nutricionalmente equivalente à fórmula de leite de vaca. A fórmula de soja compreende 12 por cento de todas as vendas de fórmula nos Estados Unidos em 2014, o que representa uma redução de 50 por cento nas vendas desde seu pico em 1999.
O único efeito colateral documentado da fórmula à base de soja em humanos é o efeito que causa nas pessoas com alergia à soja. Estudos em animais mostram uma correlação entre a alta ingestão de soja e a puberdade precoce devido ao aumento dos níveis de estrogênio, mas esse achado não é confirmado em humanos. O Instituto Nacional de Saúde e o Departamento de Agricultura dos EUA citam estudos de longo prazo como evidência de que a fórmula de soja é uma alternativa segura à fórmula de leite de vaca, embora ambas as agências incentivem os pais a alimentar seus bebês com leite materno em vez de fórmula sempre que possível.