Os controles remotos que vêm com uma televisão, caixa de cabo ou outro dispositivo geralmente não precisam ser programados, mas os controles remotos universais geralmente precisam. O processo de programação de um controle remoto varia de acordo com o fabricante .
As televisões e dispositivos que os controlam usam frequências de flash infravermelho exclusivas para funcionar corretamente; programar um controle remoto envolve configurá-lo para usar as frequências corretas. Muitos controles remotos universais possuem um recurso de configuração automática; os usuários ativam esse modo e pressionam um botão até que a televisão ou o dispositivo responda. Eles então programam o controle remoto para usar essa configuração. Muitos modelos também permitem que os usuários insiram manualmente códigos específicos de diferentes fabricantes, embora isso possa exigir várias tentativas antes de encontrar o código correto.