Devido à sua variedade de terrenos e ecossistemas, o Peru é o lar de 500 espécies de mamíferos, incluindo pumas, onças, ursos de óculos, macacos lanosos de cauda amarela, lhamas, alpacas e vicunhas. Além disso para os mamíferos, o Peru tem 1.800 espécies de pássaros e 300 espécies de répteis.
Das 500 espécies de mamíferos do Peru, 70 são endêmicas e quase 100 estão ameaçadas ou em perigo. Entre as raras espécies endêmicas estão a onça-pintada, o urso-de-óculos e o macaco-peludo-de-cauda-amarela.
A floresta tropical do Peru é parte da floresta tropical amazônica, que abriga muitas espécies raras de pássaros, répteis e mamíferos não encontrados em nenhum outro lugar. Na costa do Pacífico do Peru, muitas espécies se adaptaram a viver em um clima desértico seco. As águas costeiras do Pacífico abrigam uma vasta vida de peixes e aves marinhas, incluindo o pinguim de Humboldt. O Peru também é conhecido por suas montanhas. Essas montanhas sustentam o crescimento de muitas gramíneas e plantas que servem de alimento para lhamas, alpacas e vicunhas. Os mamíferos que vivem no Peru se adaptaram a viver em grandes altitudes.
Em 2007, os cientistas descobriram uma nova espécie de roedor da floresta nublada no Peru. Ele está intimamente relacionado ao rato espinhoso. A partir de 2014, os cientistas continuam descobrindo novas espécies nos diversos ecossistemas do Peru.
