A Uniqlo foi fundada em Hiroshima, Japão, em 1984. Ela começou como uma loja de roupas casuais e seu nome significa "Unique Clothing Warehouse". A Uniqlo foi fundada como parte da empresa Fast Retailing e se transformou em uma subsidiária integral da Fast Retailing antes de sua expansão internacional.
A empresa controladora da Uniqlo, Fast Retailing, era chamada de Ogori Shoji até 1991. Ogori Shoji foi fundada em 1949 em Yamaguchi, Japão. Antes do estabelecimento da Uniqlo, Ogori Shoji vendia roupas masculinas por meio da rede de lojas Men's Shop OS. Uniqlo foi a primeira loja de roupas unissex da empresa.
A loja foi fundada para fornecer roupas adequadas para todos os estilos. Os designs da Uniqlo foram concebidos para serem simples, para que os clientes pudessem adaptá-los aos guarda-roupas e estilos existentes. Os produtos Uniqlo foram concebidos para serem independentes das tendências da moda e das diferenças de estilo entre grupos de idade, gênero e região.
A Uniqlo se expandiu pela primeira vez fora do Japão em 2002. As lojas internacionais originais estavam na China e no Reino Unido. A empresa se expandiu para os Estados Unidos, Hong Kong e Coréia do Sul em 2005, e para a Malásia em 2010. As unidades da Uniqlo também foram abertas na Austrália, Bangladesh, França, Macau e Indonésia, bem como nas Filipinas, Rússia, Cingapura, Taiwan e Tailândia.