A estrutura ligada à membrana que contém enzimas digestivas é o lisossoma. Os lisossomas contêm enzimas que quebram macromoléculas orgânicas, como carboidratos, gorduras e proteínas. Todas as células animais contêm lisossomos, mas eles estão mais presentes nas células do sistema imunológico, como os glóbulos brancos.
Cerca de 40 enzimas digestivas diferentes residem dentro de um lisossoma. Essas enzimas são feitas por organelas chamadas ribossomos, que são fixadas ao retículo endoplasmático e colocadas em pacotes pelos corpos de Golgi. O interior ou a matriz de um lisossoma tem um pH ácido de cerca de 4,8, que é o ambiente ideal para as enzimas. Fora do lisossoma, essas enzimas tornam-se inofensivas porque o pH não é ácido e não suporta o funcionamento normal das enzimas lisossomais.