Vários temas são explorados em "Cidade de Vidro", incluindo homossexualidade, amor, cristianismo, figuras de autoridade e outras crenças religiosas. O preconceito também é um tema importante no livro. "Caçadores de sombras", por exemplo, suspeitam de certos grupos de pessoas, incluindo vampiros que podem tolerar a luz do sol.
O amor é um dos temas mais importantes da "Cidade do Vidro". A história se concentra na jornada de Clary para resgatar sua mãe. É ilegal para Clary entrar na cidade onde sua mãe está presa, então esta é uma jornada perigosa que requer sacrifícios significativos.
Existem também vários relacionamentos românticos entre os personagens ao longo do livro. Um dos vampiros chefes do livro, Raphael, usa o sistema de crenças do Cristianismo para convencer o resto de sua família de que ele não é um vampiro. Visitando uma igreja regularmente e usando uma cruz, ele consegue evitar ser detectado. Outros sistemas de crenças também são mencionados no livro, incluindo a Estrela de Davi e o Selo de Salomão.
A homossexualidade é um tema que se torna importante quando a personagem principal, Clary, vê uma personagem feminina beijando outra garota. Dois personagens masculinos também estão envolvidos em uma subtrama homossexual no livro. Além disso, palavrões são comuns em "City of Glass".
