Windex contém produtos químicos prejudiciais, como hidróxido de amônio, hexoxietanol e a fragrância do produto químico, de acordo com o Grupo de Trabalho Ambiental. O limpador de vidros também contém propilenoglicol, uma substância controversa usada em dentifrícios e cosméticos. O Daily Finance afirma que a SC Johnson criou um site em março de 2009 que elucida muitos dos ingredientes dos produtos de limpeza da empresa.
O hidróxido de amônio é um irritante respiratório conhecido que pode causar danos à visão e à pele. O EWG também afirma que o hidróxido de amônio causa toxicidade aquática aguda. O hexoxietanol pode afetar órgãos, enquanto a fragrância pode causar alergias, irritação da pele e problemas no sistema nervoso. EWG lista Windex como uma preocupação moderada para asmáticos e para aqueles que sofrem de doenças respiratórias. A irritação da pele é outra preocupação dos cientistas em relação ao limpador de vidros.
O Daily Finance destaca que o Windex usa propilenoglicol, uma substância considerada segura pela Agência de Proteção Ambiental dos EUA. Ambientalistas argumentam que estudos mostram que o propilenoglicol causa danos renais e hepáticos.
A Forbes relata que um estudo abrangente de produtos de limpeza doméstica, incluindo Windex, chegou à conclusão de que muitos produtos têm um amplo espectro de efeitos na saúde. Um dos efeitos à saúde mais notados foi a asma, enquanto outro foi a desregulação endócrina.
O site oficial What's Inside SC Johnson lista vários ingredientes de seu limpador de vidros Windex. Água, álcool isopropílico, 2-hexoxietanol, Videt EGM, sódio c14-17 sec-alquil sulfonato, hidróxido de amônio, propilenoglicol, Mirapol Surf S-10, fragrância e corante Liquitint Sky Blue estão todos em uma garrafa de Windex.