Algumas das principais formas de relevo encontradas em Honduras incluem o grande planalto interior de colinas e montanhas, as terras baixas do Pacífico e as terras baixas do Caribe. O clima varia de temperado nas montanhas a trópico nas terras baixas. Um extenso sistema de rios cruza as montanhas de Sierra Madre, e as colinas do interior, e amplos vales férteis são encontrados nesta região.
As planícies caribenhas são ladeadas por praias arenosas e se estendem por todo o litoral norte. Esta região contém a Costa do Mosquito, uma área desabitada de selva, lagoas e manguezais. As planícies do Pacífico são consideravelmente menores em tamanho e circundam o Golfo de Fonesca, onde algumas ilhas vulcânicas adormecidas podem ser encontradas. Esta área de planície torna-se pantanosa perto da costa. No geral, Honduras é um país rico em água, com a energia hidrelétrica considerada um de seus recursos naturais. Existe apenas um lago significativo chamado Lago Yojoa, mas existem muitos rios importantes.
A região montanhosa do interior abriga a maior parte da população de Honduras e representa 80% de sua área total. Numerosos vales de piso plano são encontrados aqui, com vilas, cidades e a capital do país, Tegucigalpa, localizadas nas maiores. Os terrenos desta região são geralmente difíceis de atravessar e não são adequados para cultivo devido ao terreno acidentado. A qualidade do solo também é ruim. Uma depressão conveniente e proeminente atravessa o país através da região das terras altas e fornece uma rota de transporte relativamente fácil entre as costas norte e sul.