Batistas e presbiterianos têm pontos de vista diferentes sobre a prática do batismo. Os batistas acreditam que a pessoa que está sendo batizada deve professar sua fé em Cristo antes de ser imersa na água, enquanto os presbiterianos acreditam que as pessoas devem ser aspergidas com água como imersão não é bíblica. Os presbiterianos também acreditam que crianças podem ser batizadas, embora não possam expressar sua fé. Os batistas acreditam que as pessoas nascem em pecado, por isso devem ter idade suficiente para se arrepender antes de serem batizados.
As igrejas presbiterianas permitem que pessoas que não foram batizadas tomem a comunhão, mesmo que a pessoa não tenha expressado qualquer fé. Os batistas, por outro lado, só permitem a participação de pessoas que são batizadas e têm fé.
Os batistas acreditam que cada igreja é independente, enquanto as igrejas presbiterianas devem responder aos órgãos legislativos e judiciais da igreja. Membros de congregações presbiterianas podem apelar para o presbitério se estiverem preocupados com a má administração ou quaisquer outras questões, enquanto as igrejas batistas não têm esta provisão.
Os padres presbiterianos devem ter diploma universitário ou outra prova de educação antes de serem ordenados. O Presbitério também verifica o conhecimento do padre de hebraico e grego, junto com filosofia, ética e governo da igreja. Os batistas acreditam que uma pessoa não precisa de um curso de estudos para se tornar sacerdote; em vez disso, eles acreditam que Deus chama homens para o ministério e que o conhecimento do evangelho e o desejo de salvar almas são tudo o que é necessário.
