Algumas desvantagens do manejo integrado de pragas, ou IPM, são que seu uso requer monitoramento regular, não pode ser usado para todas as pragas, pode ser difícil determinar quando usar sprays, não funciona com todos ambientes e profissionais têm que entender como o IPM funciona e seguir as práticas de forma consistente. O objetivo do IPM é reduzir a frequência com que os pesticidas devem ser usados e alguns métodos usados incluem controle biológico, controle químico, controle cultural e seleção de variedades.
O IPM também tem algumas vantagens. Primeiro, as pessoas que borrifam produtos químicos enfrentarão menos riscos à saúde, pois os produtos químicos não serão borrifados com tanta frequência. Em segundo lugar, não haverá tanta necessidade de uso de produtos químicos no futuro. Além disso, haverá menos resistência a pesticidas e contaminação.
