Alternativas aos sistemas sépticos domésticos tradicionais incluem filtros de areia de recirculação, banheiros de compostagem, sistemas sépticos de evaporação-transpiração e sistemas aeróbios. Se esses ou outros métodos alternativos custam menos que os sistemas tradicionais, depende de vários fatores, como o tamanho da casa, os regulamentos locais e as taxas cobradas pelos empreiteiros locais.
Os métodos alternativos de tratamento de resíduos podem ser semelhantes aos sistemas sépticos tradicionais, como sistemas de águas cinzas, ou métodos que destroem os resíduos, como a incineração de banheiros. Métodos adicionais incluem lagoas e sistemas de leito elevado.
Os sistemas sépticos aeróbicos tratam as águas residuais com produtos químicos desinfetantes, permitindo a descarga da água nas águas subterrâneas sem o uso de uma fossa séptica.
Os regulamentos em algumas áreas proíbem certos tipos de sistemas sépticos, muitas vezes devido aos níveis do lençol freático ou outros critérios de uso do solo.
