Nenhuma ferramenta é necessária para limpar os liquidificadores Ninja. O Mega Kitchen System, o liquidificador Professional, o Nutri Ninja e o liquidificador Ultimate exigem os mesmos métodos de limpeza. A base do motor é limpa com um pano úmido e os jarros, tampas, lâminas e acessórios podem ser lavados na máquina de lavar louça.
Enquanto o jarro é limpo na prateleira inferior da máquina de lavar louça, os pedaços menores são colocados na prateleira superior. Outra forma de limpar um liquidificador Ninja é enchê-lo três quartos com água morna, adicionar uma pequena quantidade de detergente de louça, tampar e apertar várias vezes o PULSO. Depois que o liquidificador estiver limpo, todos os componentes são enxaguados em água corrente. O liquidificador não deve ser armazenado até que os pedaços tenham secado completamente.