Alguns tomates ficam pretos no fundo devido à podridão do final da flor, que é o resultado de uma deficiência de cálcio durante a formação. Isso é mais comum na jardinagem em vasos; no entanto, pode ocorrer com qualquer tipo de jardinagem.
A deficiência de cálcio ocorre devido à irrigação inconsistente, irrigação em excesso ou fertilização excessiva ou insuficiente. Com pouca água, o solo fica muito seco e a planta não consegue extrair cálcio suficiente do solo para o tomate. Muita água basicamente afoga a planta e a torna incapaz de processar os nutrientes do solo. Os tomates são grandes comedores e precisam de uma quantidade decente de fertilizante para continuar crescendo, mas muito fertilizante pode matá-los. Seguindo as orientações adequadas para o cultivo de tomates, pode-se evitar o apodrecimento das pontas das flores.