A água do poço pode ficar suja quando há falta de manutenção no sistema do poço, o que pode levar à sua deterioração. Os poços podem ter que ser limpos e, como algumas pessoas nunca fazem isso, a água pode ficar sujo.
Isso pode acontecer em apenas alguns anos se o poço não for limpo corretamente. Muito ferro, manganês e gás sulfeto de hidrogênio podem causar a contaminação da água do poço. Pessoas com esse problema podem sentir um cheiro desagradável vindo do sistema de água. Isso pode se tornar um problema significativo, enchendo uma casa com um cheiro semelhante a esgoto ou sulfuroso.
Os poços também podem ser contaminados com bactérias, como coliformes e outros tipos de bactérias. Uma contagem de placa heterotrófica pode ser usada para descobrir a quantidade de bactérias na água. Embora este teste não possa ser muito específico, ele dá um bom resumo do estado do poço.
Quando as bactérias se tornam um problema, os poços devem ser limpos e descontaminados. Se isso não for feito, o poço se torna um terreno fértil para as bactérias. A bactéria pode entrar em roupas que são lavadas, assim como em pratos, eletrodomésticos e no corpo das pessoas quando elas tentam tomar banho. Não é apenas sujo, não é saudável, pois essas bactérias podem causar doenças.