Os aplicativos gratuitos da Amazon Appstore podem ser baixados com segurança, desde que sejam baixados diretamente da própria loja. Esses aplicativos passam por um processo de verificação semelhante ao do Google Play.
Embora os aplicativos da Amazon Appstore sejam seguros, o processo de instalação apresenta vulnerabilidades de segurança aos usuários do Android. Para instalar aplicativos, os usuários devem alterar as configurações de segurança do dispositivo Android para instalar aplicativos de fontes desconhecidas, um processo conhecido como carregamento lateral. Uma vez definido, o dispositivo Android permite que um usuário instale um aplicativo independentemente de sua fonte, não apenas da Amazon Appstore. Não há um recurso Android atual para permitir apenas aplicativos de um mercado específico.
A maioria dos malwares vem de sites de terceiros, embora também possam ser enviados como anexos em e-mails. Normalmente, um dispositivo Android defende o usuário recusando-se a instalar qualquer aplicativo que não seja originado do Google Play. No entanto, esse recurso é desabilitado no processo de instalação de aplicativos da Amazon Appstore, criando uma vulnerabilidade de segurança. Existem milhares de aplicativos Android maliciosos em circulação, e a maioria vem de sites de terceiros.
Para evitar esse problema, os usuários devem reativar o recurso de segurança e impedir as instalações de fontes desconhecidas assim que o aplicativo da Amazon Appstore for instalado. Isso protege o dispositivo quando não estiver carregando os aplicativos pretendidos.