Os mexilhões são filtradores que filtram a vida aquática microscópica, como o plâncton, da água ao seu redor. As larvas de algumas espécies de mexilhões são temporariamente parasitas.
Os mexilhões são bivalves, como as amêijoas e ostras, que vivem tanto em habitats de água salgada como de água doce. Um mexilhão se alimenta filtrando a água pelo corpo. A água entra pelo órgão sifão incidente e se move pelo corpo por meio do movimento dos cílios. As águas residuais saem do corpo do mexilhão pelo sifão existente. A comida é filtrada para fora da água e os palpos labiais passam para a boca do mexilhão. A comida de um mexilhão normalmente consiste em fitoplâncton, zooplâncton e algas.
As larvas de certos mexilhões de água doce passam uma parte de suas vidas como uma espécie de parasita, vivendo nas guelras de um peixe hospedeiro. Isso normalmente não prejudica um peixe, a menos que a carga larval seja extremamente alta.
Os mexilhões são indicadores importantes da saúde de um curso de água. Os mexilhões também mantêm os cursos de água limpos de plâncton e algas em excesso e podem até filtrar algumas bactérias nocivas.
Os mexilhões-zebra são uma espécie de mexilhão nativa da Europa oriental que é invasora em muitos cursos de água da América do Norte. Como outros mexilhões, os mexilhões-zebra são filtradores. Eles habitam cursos de água em números tão grandes que suas populações são capazes de filtrar todo o conteúdo de alguns lagos e lagoas em um único dia, roubando o sustento de espécies aquáticas nativas.