Parte da vegetação natural do Peru inclui monocotiledôneas, dicotiledôneas, plantas almofadadas como Oxychloe andina, árvores como Buddleja coriacea e pastagens como Blechnum loxense. Aproximadamente 40 por cento das terras no Peru são coberto pela Cordilheira dos Andes. O resto do país apresenta as florestas e selvas da região do rio Amazonas.
Estima-se que 21.462 espécies vivam no país, sendo 5.855 endêmicas do Peru. Uma importante ecorregião no Peru é a região da Puna Úmida Andina Central, que se encontra nas montanhas andinas do Peru e da Bolívia. Estima-se que entre 1.000 e 1.500 plantas vasculares sejam encontradas nesta região do Peru. Monocotiledôneas compreendem cerca de 40 por cento da vegetação. A planta Puya raimondii gigante cresce perto de Huarez e é considerada uma das plantas mais conhecidas do Peru.
Nos pântanos do alto andino, os cientistas descobriram a planta Senecio sanmarcosensis, que era desconhecida antes de 2009. Os cactos crescem ao longo da costa do Peru e nas Terras Altas. Outra vegetação encontrada no Peru inclui orquídeas, musgo, palmeiras, plantas do dossel e grama ichu.
