O coiote come pelicanos, assim como gatos e humanos. Mamíferos e pássaros menores, como gambás, gaivotas e gatos selvagens caçam pelicanos juvenis. Os humanos também são predadores do pelicano, caçando-os por suas penas e comendo sua carne.
Os pelicanos são pássaros grandes, o que os torna presas mais difíceis para a maioria dos predadores em seu ambiente natural. Por causa disso, a maioria dos animais não os caça. No entanto, um pelicano ferido que não pode voar é uma presa fácil para cães selvagens, gatos selvagens e mamíferos maiores.
Junto com a caça de pelicanos, os humanos também causaram o declínio da população de pelicanos com pesticidas, como o DDT. Esses pesticidas fazem com que os ovos de pelicanos permaneçam inférteis ou gerem pintinhos danificados. Algumas espécies de pelicanos ainda estão ameaçadas de extinção na América do Norte.
