É possível colocar músicas em um iPod sem o iTunes usando outro software que permite a transferência de músicas de um computador para o dispositivo. Existem alternativas ao iTunes disponíveis para Windows, Linux, e sistemas OSX.
Existem opções de software de terceiros para proprietários de iPod que desejam transferir músicas para seus dispositivos sem usar o iTunes. Essas opções exigem que os usuários baixem o software para seus computadores. Conecte o iPod e ative o software instalado. Opções de freeware como SharePod ou PodTrans permitem que o usuário copie ou mova arquivos de música de um computador Windows para o iPod. Podworks e PodUtil têm a mesma finalidade para OSX e Linux, respectivamente. Cada programa possui uma interface por meio da qual os usuários selecionam a localização da música em seu computador, se desejam copiá-la ou transferi-la, e onde desejam salvá-la no iPod.