Morcegos fêmeas cuidam de seus filhotes ao nascer, segurando-os em uma bolsa de membrana e amamentando-os. Por algum tempo após o nascimento, eles podem carregar seus bebês pequenos com eles enquanto se alimentam, mas as mães depois os deixam no poleiro, voltando freqüentemente para alimentá-los.
As fêmeas geralmente têm apenas um bebê por vez, possivelmente devido à necessidade de voar e se alimentar, mesmo durante a gravidez. Quando chega a hora de dar à luz, as fêmeas de algumas espécies penduram a cabeça para cima pelos polegares e pegam seus bebês em uma membrana da cauda, enquanto outras espécies penduram de cabeça para baixo e pegam o bebê com suas asas. Os filhotes de morcegos nascem de olhos fechados e sem pelos e se agarram às mães imediatamente com suas garras afiadas e às vezes com os dentes.
Dependendo do tamanho da espécie de morcego, os filhotes de morcegos podem agarrar-se às mães enquanto voam e se alimentam por alguns dias a algumas semanas. Quando ficam muito pesados para carregá-los, as mães os deixam agarrados a uma parede, galho, teto de uma caverna ou outro abrigo enquanto procuram por comida. A taxa de mortalidade de filhotes de morcegos é alta, pois alguns bebês morcegos caem de seus poleiros e não conseguem subir de volta.
Dependendo da espécie de morcego, os morcegos jovens desenvolvem totalmente suas asas e ganham a capacidade de voar em três semanas a quatro meses. Quando o fazem, são responsáveis por caçar sua própria comida.
