O objetivo do "Clue Jr .: The Case of the Missing Cake" é navegar por pistas para identificar quem comeu o bolo, quando o bolo foi comido e qual bebida foi consumida com o bolo. O jogo é recomendado para dois a seis jogadores com idades entre 5 e 8 anos e consiste no tabuleiro de jogo, personagens e peças de mobília, um spinner, bases de jogadores, cartas misteriosas e um bloco de notas de detetive.
Os jogadores começam escolhendo um motor ou base de jogador e colocando-o na cor correspondente no tabuleiro de jogo. O primeiro jogador gira o spinner e avança o número de espaços exibidos no spinner. Se os jogadores pousarem em um espaço já ocupado, o espaço é ignorado ou os jogadores podem escolher esperar para espiar a sala no tabuleiro de jogo. Ao pousar em um espaço adjacente a uma sala, os jogadores podem desbloquear o buraco da fechadura e descobrir as pistas na sala. Usando o bloco de notas do detetive, os jogadores devem anotar pistas e suposições enquanto se movem pelo tabuleiro de jogo. Quando o jogador está pronto para adivinhar quem comeu o bolo, onde foi comido e que bebida foi consumida, esse jogador deve anunciar a suposição e ter a chance de ver a carta misteriosa para ver se a suposição está correta. Se a suposição estiver correta, o jogador ganha o jogo. Caso contrário, o jogador deve colocar o cartão de volta e o jogo recomeça com os outros jogadores.