A melhor maneira de limpar as linhas de xarope de um bebedouro é lavar o sistema de tubos com uma solução de limpeza de venda livre sem alvejante. O alvejante corrói o plástico nos tubos e pode causar problemas de saúde. Essas soluções de limpeza são projetadas como sacos em uma caixa, que são semelhantes às caixas de suprimento de xarope usadas em bebedouros.
Os sacos de suprimento de xarope são conectados aos tubos do dispensário usando um adaptador BIB. Este mesmo adaptador é usado para conectar soluções de limpeza em caixas ao sistema de tubos do refrigerante. Este processo de limpeza funciona exatamente da mesma maneira que quando a máquina de refrigerante está distribuindo xarope. A solução de limpeza é conectada ao refrigerador, onde os sacos de suprimento de xarope são normalmente armazenados. Em seguida, a alavanca na frente do dispenser de refrigerante deve ser pressionada, permitindo que a solução de limpeza lave o sistema. A solução de limpeza deve passar pelo sistema de tubos por 15 a 20 minutos.
A revista Time publicou uma matéria destacando a necessidade de sistemas de tubos de xarope de refrigerante serem limpos e enxaguados regularmente. O artigo afirma que, após a realização de um estudo de 30 sistemas diferentes de fontes de refrigerante na Virgínia, 48% continham bactérias coliformes, normalmente associadas a fezes humanas e animais.