As cobaias comem quase tudo que colocam em suas tigelas de comida, mas sementes de abóbora e outros tipos de sementes grandes podem sufocar. Embora as sementes de abóbora possam ser nutricionalmente densas, há coisas melhores para alimentar uma cobaia de estimação.
As cobaias podem subsistir com uma dieta composta principalmente de feno de timóteo. Este feno não só ajuda na digestão, mas fornece à cobaia a nutrição de que necessita. Outros alimentos aceitáveis incluem frutas e vegetais frescos como espinafre, couve, alface, morango, tomate, repolho e mirtilo. As cobaias podem comer pequenas quantidades de abóbora fresca algumas vezes por semana, mas todas as sementes devem ser removidas.