As ninhadas de chihuahua são geralmente pequenas, consistindo de um a três filhotes. Embora este seja um número médio, cada ninhada é diferente e pode variar no número de filhotes nascidos, bem como vários outros fatores .
Devido ao tamanho relativamente pequeno da raça e ao formato da cabeça do filhote, muitas mães de chihuahuas têm dificuldade em dar à luz uma ninhada. Freqüentemente, um veterinário é obrigado a realizar uma cesariana de emergência na mãe para remover os filhotes, a fim de evitar a perda da mãe ou da ninhada. Quando isso acontece, o criador geralmente deve alimentar os filhotes manualmente por alguns dias enquanto a mãe se recupera.