Joe Scarborough divorciou-se em janeiro de 2013, de acordo com TMZ. O casal começou o processo de divórcio em setembro de 2012 e, de acordo com os termos de um acordo, eles compartilham a guarda conjunta dos dois filhos menores, a partir de outubro de 2015.
Joe Scarborough acertou os termos de seu divórcio de sua esposa Susan Waren concordando em pagar a Susan pagamentos de pensão alimentícia de $ 30.000 por mês durante cinco anos, seguidos de pagamentos de $ 25.000 por mês por mais dois anos. O casal continua a compartilhar a ocupação da casa conjugal.
Scarborough nega rumores de um relacionamento romântico com Mika Brzezinski, seu co-apresentador do programa "Morning Joe" da MSNBC. A ex-mulher de Scarborough, Susan, trabalhou anteriormente para o ex-governador da Flórida, Jeb Bush. Antes de coapresentar "Morning Joe", Scarborough era um congressista dos EUA.