O pinguim-imperador está perto do topo da cadeia alimentar, alimentando-se de peixes, krill e lulas. Apenas grandes mamíferos marinhos se alimentam do pinguim-imperador, incluindo tubarões.
O pinguim-imperador é ágil e forte na água, qualidades que o tornam um bom predador. É um grande mergulhador que pode mergulhar mais fundo do que outras aves; os registros de mergulhos com pinguins-imperador chegam a 1.750 pés. O pinguim-imperador normalmente passa cerca de cinco minutos ou menos de cada vez sob a água e apenas mergulha várias centenas de metros abaixo da superfície. Este pinguim pode nadar rápido ao mergulhar em sua presa.
