As desvantagens de usar um sistema de informações geográficas, ou GIS, são que sua natureza técnica pode retratar os resultados como sendo mais confiáveis do que realmente são, e erros e suposições podem ser ocultados, levando à falta de questionamento no resultados. Outra desvantagem de analisar os resultados de um GIS é que os resultados serão tão precisos quanto os dados de onde vêm. Por causa disso, os dados podem não servir a contextos diferentes, principalmente se os dados não forem aplicáveis.
Por exemplo, se os dados de entrada em um GIS forem inseridos no nível do condado, os resultados no GIS só serão utilizáveis para o nível do condado, não em qualquer outro nível, como os níveis distritais ou distritais. A disponibilidade de dados, por si só, também é um grande problema. Se os dados não estiverem disponíveis, o sistema GIS é inútil.
Além disso, os sistemas GIS não são como outros programas. Eles não saem da prateleira, o que significa que devem ser montados e construídos de acordo com o projeto do usuário. Este pode ser um processo longo, complexo e caro. Por causa disso, muitos sistemas GIS não dão frutos ou falham totalmente em sua implementação porque sua criação foi apressada ou planejada de forma inadequada.
Os sistemas GIS são frequentemente tão complexos, na verdade, que se torna difícil descrever os benefícios intangíveis que eles podem fornecer, tornando difícil encontrar financiamento para sua criação. Além disso, a tecnologia por trás da tecnologia GIS se expande rapidamente, fazendo com que os sistemas GIS tenham uma alta taxa de obsolescência. Também é muito difícil fazer programas GIS que sejam rápidos e fáceis de usar. Os sistemas GIS normalmente requerem uma linguagem de comando complexa. Os campos de dados e sua acessibilidade também não são muito compreendidos, e os dados podem se tornar incompletos, obsoletos ou errôneos, tornando o GIS enganoso.
