As infecções respiratórias, principalmente a pneumonia, são uma das principais causas de morte entre as cobaias, bem como diarreia extrema, infecções bacterianas, obstruções da bexiga e superaquecimento. As cobaias também sucumbem a envenenamento acidental por comer grama ou plantas tratadas com inseticida.
As cobaias são muito fofas, mas são criaturas delicadas que precisam ser monitoradas de perto em busca de sinais de sérios problemas de saúde. Fora as causas naturais, a pneumonia e doenças respiratórias semelhantes são responsáveis por muitas mortes nesses animais. As cobaias são portadoras naturais de cepas de bactérias respiratórias que rapidamente se transformam em pneumonia. Suas vidas podem ser salvas com antibióticos e outros tratamentos médicos de emergência.
De acordo com a Rede de Informação Veterinária, as cobaias não processam a vitamina C naturalmente e devem obter este mineral vital através dos alimentos que comem. A falta de vitamina C faz com que desenvolvam uma condição chamada escorbuto, que os torna mais vulneráveis a doenças e enfermidades. Adicionar um suplemento de vitamina C à dieta resolve esse problema.
O Hospital de Animais VCA afirma que a urina com sangue indica possíveis cálculos na bexiga, o que torna a micção difícil. A diarreia em porquinhos-da-índia é muito grave e faz com que o animal desidrate rapidamente. As cobaias colocadas em temperaturas acima de 85 graus com alta umidade correm grande risco de morrer de insolação. Um veterinário com experiência no tratamento de porquinhos da índia pode fornecer ajuda de emergência para essas doenças graves.