Algumas diferenças entre a ELCA e o Sínodo de Missouri são seus entendimentos da interpretação bíblica, o papel das mulheres no ministério e a crença e prática sacramental. Embora ambas as denominações compartilhem uma herança luterana, essas diferenças têm levou a uma maior divisão entre eles.
A Igreja Evangélica Luterana e a Igreja Sínodo Luterana de Missouri nunca foram um corpo unido, pois a LCMS nunca fez parte das organizações que se fundiram para formar a ELCA. As diferenças entre os dois órgãos começaram a surgir na década de 1970, com as duas igrejas respondendo de maneira diferente às mudanças radicais que ocorriam na sociedade naquela época.
Embora ambas as igrejas compartilhem credos e confissões comuns, elas diferem em seu entendimento da interpretação bíblica. A ELCA abrange estudos histórico-críticos da Bíblia que levam a uma variedade de interpretações que a ELCA permite. O LCMS é mais cético em relação a certas formas de estudos críticos, acreditando que elas minam a autoridade bíblica.
No início da década de 1970, a ELCA iniciou o processo de ordenação de mulheres à liderança pastoral. Hoje, há mulheres servindo no ministério ordenado em todos os níveis da ELCA, enquanto o LCMS acredita que a Bíblia só permite que homens sirvam como pastores.
O LCMS só permite que os membros em boas condições das paróquias de LCMS recebam a comunhão em seus serviços. A ELCA permite que qualquer cristão batizado receba em uma igreja da ELCA e tem acordos de comunhão plena com várias outras denominações protestantes.
