Os crocodilos de água salgada estão em perigo devido à perda de habitat e às atividades humanas, como a caça ilegal e a caça furtiva. Os crocodilos de água salgada têm poucos predadores naturais, mas chamam a atenção dos humanos pela sua carne, ovos e pele. A competição por espaço com comunidades humanas e sua tendência de atacar pessoas em seus territórios também tornam os crocodilos de água salgada alvos de mortes por humanos.
Os crocodilos de água salgada prosperam nos oceanos e mares do Sudeste Asiático, Índia Oriental e partes da Austrália. O tamanho da população e a situação de risco variam entre os diferentes grupos. As estimativas colocam o tamanho da população global entre 200.000 e 300.000 animais. Apesar de seus nomes, essas criaturas aquáticas habitam áreas de água doce, além de águas salgadas.
Como muitas outras espécies de crocodilos, as pessoas em todo o mundo exigem peças e produtos desses crocodilos, especialmente sua pele. A caça ilegal continua a representar um risco para os crocodilos, especialmente os da Austrália, apesar da implementação da proteção legal. Segundo o direito internacional, os crocodilos de água salgada gozam de proteção por meio da classificação no Apêndice I ou no Apêndice II. Essas listagens proíbem sua coleta ou permitem capturas limitadas.
A perda de habitat, especialmente na Austrália, também ameaça as populações de crocodilos. Eles perdem cada vez mais seus habitats para a invasão humana e alteração de terras, principalmente para a produção agrícola. A conversão de terras em fazendas perturba os locais de nidificação e reprodução dos crocodilos, pois essas áreas são danificadas por búfalos e gado.
