Os tigres de Javan foram extintos principalmente porque seus habitats naturais foram destruídos e cultivados para o benefício de uma população humana em rápido crescimento, de acordo com About.com. Eles foram caçados e envenenados, e foram considerados ser pragas por causa de como eram comuns em Java no início do século XIX. Também aumentou a competição por presas quando os cães selvagens foram introduzidos em Java.
Após a Segunda Guerra Mundial, muitas florestas naturais foram destruídas para fazer plantações, que foram usadas para teca, café e borracha. Essa fragmentação das florestas fez com que os habitats naturais deixassem de ser adequados para sustentar a vida animal. A espécie de presa mais importante do tigre de Javan, o cervo rusa, foi infestado por doenças em muitas florestas e reservas durante a década de 1960, contribuindo para a queda do tigre.
Embora tenha havido avistamentos não confirmados desde então, o último avistamento documentado do tigre de Javan foi em 1972, e a IUCN declarou o tigre de Javan oficialmente extinto em 2003. No final da existência do tigre de Javan, eles foram regulamentados para os arredores do ilha de Java e o monte Betin mais habitado, que é a parte mais alta e remota da ilha.
Embora maior do que o tigre de Bali, o tigre de Javan era uma subespécie relativamente pequena dos tigres do continente asiático.