O sistema conhecido como Rio Nilo atravessa os países da Tanzânia, Uganda, Ruanda, Burundi, República Democrática do Congo, Quênia, Etiópia, Eritreia, Sudão do Sul, Sudão e Egito. Os países através dos quais flui o Nilo Branco são Sudão, Sudão do Sul, Ruanda, Tanzânia, Uganda e República Democrática do Congo. O Nilo Azul atravessa a Etiópia e o Sudão. A parte principal do Nilo flui através do Sudão e do Egito.
O Nilo Branco é a principal fonte do Rio Nilo e começa nos pontos de encontro dos rios que fluem da região dos Grandes Lagos da África. A segunda maior fonte do Rio Nilo é o Nilo Azul, que começa no Lago Tana, na Etiópia. Quando esses rios se unem, o rio resultante é conhecido simplesmente como Rio Nilo. Fontes adicionais que são consideradas parte do Rio Nilo incluem o Rio Ruvyironza em Burundi e o Rio Nyabarongo em Ruanda. A porção do rio que sai do Lago Vitória em Uganda é conhecida como Victoria Nilo. No total, o sistema fluvial que é considerado o rio Nilo se estende por um total de 4.258 milhas, com a foz do rio localizada ao longo da costa egípcia do Mar Mediterrâneo. As principais cidades por onde passa são Juba no Sudão do Sul, Cairo no Egito, Cartum no Sudão e Jinja em Uganda.
