A onça-pintada não tem predadores naturais, de acordo com a Rainforest Alliance. Os humanos são a principal ameaça para a onça-pintada, devido à caça furtiva e à perda de habitat natural.
As onças vivem em muitos habitats diferentes, embora sejam mais frequentemente encontradas em selvas e florestas. A perda dos habitats naturais tem levado a um aumento do contato com os humanos, que matam onças para suas peles, embora essa prática não seja tão comum quanto antes. A Rainforest Alliance afirma que agora existem cerca de apenas 15.000 onças na natureza. Os jaguares também caçam algumas espécies da mesma espécie que os humanos, aumentando o perigo do contato humano.