Os tomates apodrecem na videira por vários motivos, incluindo umidade inconsistente, muito sol, infestação de pragas e exposição a doenças. Os três primeiros problemas podem ser resolvidos conforme a planta cresce para reduzir o apodrecimento no futuro frutas, mas as colheitas expostas a doenças devem ser destruídas.
A infestação de pragas é um dos problemas mais fáceis de diagnosticar porque os insetos estão frequentemente presentes e seus efeitos são distintos. Os percevejos criam manchas escuras nos tomates quando se alimentam, deixando uma área que fica amarela ou verde quando a fruta amadurece. Hornworns são freqüentemente encontrados sob as folhas, e suas marcas de alimentação são aparentes nas folhas e frutas.
Quando os tomates recebem muito sol, ocorre uma condição chamada escaldadura e os frutos desenvolvem manchas brancas com uma textura coriácea. A podridão final da flor ocorre quando os tomates recebem umidade inconsistente, inibindo a capacidade da planta de receber cálcio. A podridão causa manchas marrons claras na ponta do tomate, e essas manchas eventualmente ficam pretas.
Os tomates são suscetíveis à ferrugem, ao vírus do mosaico do tabaco e à murcha. Os sinais dessas doenças incluem áreas acinzentadas e mofadas na fruta, bem como folhas distorcidas e cancro na fruta ou no caule. As doenças que afetam os tomates podem permanecer no solo, e o serviço de extensão da Universidade do Estado do Colorado recomenda o plantio de outras safras nas áreas afetadas por pelo menos dois anos após a descoberta da doença.
