Um Chihuahua merle é um Chihuahua com uma pelagem malhada. Merle é um padrão de pelagem encontrado em muitas raças de cães domésticos; consiste em manchas de cor mais escuras em um fundo mais claro do mesmo matiz.
Em Chihuahuas, merle está fortemente associado a uma série de problemas de saúde. Está associada à surdez e anomalias do olho, crânio e sistema reprodutor. Vários países, incluindo todos os 83 países que usam os padrões europeus da FCI, proíbem o registro de chihuahuas merle em um esforço para evitar mais reprodução. A partir de 2014, o American Kennel Club aceita qualquer casaco ou estampa em chihuahuas de alta qualidade, incluindo merle.
