Algumas espécies de morcegos hibernam e outras ficam ativas o ano todo. Os morcegos que vivem em áreas onde os insetos morrem durante o inverno tendem a hibernar devido ao esgotamento das fontes de alimento, e os morcegos em áreas tropicais com presas confiáveis o ano todo geralmente não hibernam.
Os morcegos se enrolam em bolas durante a hibernação e geralmente hibernam nas paredes ou tetos das cavernas. Algumas espécies de morcegos hibernam por até seis meses, subsistindo com apenas alguns gramas de reservas de gordura. Sua capacidade de baixar a temperatura corporal e desacelerar o metabolismo e a frequência cardíaca permite que hibernem por muito tempo. Os morcegos normalmente perdem cerca de metade de seu peso corporal total durante a hibernação.
