O rio Jordão deságua no Mar Morto. Ele flui ao sul da área montanhosa onde Israel, Líbano e Síria se encontram e também passa pelo Mar da Galiléia.
O rio Jordão começa na interseção de quatro riachos, o Banias, o Bareighit, o Hasbany e o Leddan, na região superior da planície do Lago Huleh. Se o rio fosse medido em linha reta, não teria mais de 136 milhas de comprimento.
O rio Jordão também atravessa o mar de Tiberíades e as águas de Merom. Tem entre 45 e 180 pés de largura. As margens do rio Jordão transbordam na primavera.