Para obter o personagem Mewtwo no videogame "Pokémon Crystal", o jogador deve negociar por ele usando o Time Capsule ou obtê-lo por meio de um evento. Ele não pode ser capturado como os outros personagens em o jogo.
O Time Capsule permite que um jogador usando "Pokémon Crystal" troque personagens com outros usando um jogo Pokémon de primeira geração ou com sua própria cópia desse jogo. Os jogos da primeira geração são "Pokémon Blue", "Pokémon Red" e "Pokémon Yellow". Além disso, no Japão, "Pokémon Green" faz parte da primeira geração. O arquivo salvo no jogo de primeira geração deve ter Mewtwo para trocá-lo por "Pokémon Crystal".
A Nintendo, a editora do jogo, também dá personagens aos jogadores em eventos oficiais. Esta é a única outra forma oficial de obter Mewtwo no jogo "Pokémon Crystal".