Alguns dos personagens Pokémon mais populares incluem Pikachu, Mewtwo, Squirtle, Charmander e Bulbasaur. Esses Pokémon têm uma alta classificação entre os fãs e todos aparecem em filmes e programas de TV da franquia.
Facilmente o personagem mais icônico da série, Pikachu é o Pokémon carro-chefe e o mascote original da franquia. O minúsculo roedor elétrico é inseparável do próprio Pokémon e é um dos únicos personagens com probabilidade de ser reconhecido, mesmo por aqueles que não conhecem a série. Embora os fãs radicais possam não apreciar sua saturação excessiva, não há como negar a popularidade de Pikachu.
O Pokémon mais raro e poderoso nas encarnações "Red" e "Blue" originais da série, a popularidade de Metwo estava assegurada desde o início da franquia. Um poderoso Pokémon psíquico, Mewtwo está escondido nas profundezas do Calabouço Desconhecido, uma área que só se torna acessível depois que os jogadores concluem o resto do jogo. A fama de Mewtwo levou a aparições em outras mídias, incluindo o primeiro filme Pokémon e o popular jogo de luta da Nintendo "Super Smash Bros."
Os jogadores começam a versão original do Pokémon escolhendo um dos três Pokémon básicos: Bulbasaur, Squirtle ou Charmander. Representando três dos principais tipos de elementos da série, grama, água ou fogo, o Pokémon inicial original evolui para algumas das criaturas mais poderosas do jogo. Sua história, utilidade e aparições proeminentes na série de TV Pokémon original fazem Bulbasaur, Squirtle e Charmander três dos Pokémon mais populares ao redor.